Εκεί παρέμεινε μία δεκαετία σαν κηπουρός και γρήγορα έγινε παράδειγμα άσκησης, ταπεινοφροσύνης και μεγαθυμίας για όλους τους αδελφούς, οι οποίοι παμψηφεί τον ανέδειξαν ηγούμενο της Μονής.

Όταν ξέσπασε η θύελλα της Εικονομαχίας ο αυτοκράτορας Λέων ο Αρμένιος, με τον ασεβή πατριάρχη Θεόδοτο το Μελισσηνό, προσπάθησαν, ανεπιτυχώς, να κάμψουν το αγέρωχο φρόνημα του Οσίου. Εκείνος όρθωσε το πνευματικό του ανάστημα και στάθηκε στο ύψος των περιστάσεων. Τότε άρχισε ο απηνής διωγμός του.

Μετά το θρίαμβο της Ορθοδοξίας, επέστρεψε στη Μονή του, έζησε τρία ακόμη χρόνια και εκοιμήθη ειρηνικά σε ηλικία 70 ετών, το 845 μ.Χ

H εκκλησία μας τιμά την μνήμη του Αγίου Ιλαρίωνα σήμερα 6 Ιουνίου.