Με Κοινή Υπουργική Απόφαση (ΚΥΑ) των υπουργών Οικονομικών, Εσωτερικών, Εθνικής Άμυνας και Ναυτιλίας η διαχείριση της προσφυγικής κρίσης περνά ουσιαστικά στο Στρατό με το νεοσυσταθέν Κεντρικό Συντονιστικό Όργανο να υπάγεται απευθείας στον Αρχηγό Γενικού Επιτελείου Εθνικής Άμυνας (ΓΕΕΘΑ).