Στο τραπέζι της διαπραγμάτευσης με τους υποψήφιους επενδυτές, η Εγνατία Οδός ΑΕ ενδέχεται να  θέσει και τις προοπτικές αξιοποίησης του άξονα και με άλλες συμβατές δραστηριότητες όπως την εγκατάσταση Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας (ΑΠΕ) σε εκτάσεις που θα παραχωρηθούν μαζί με τον οδικό άξονα. Μάλιστα ήδη εκπονείται μελέτη για τη δυνατότητα εγκατάστασης φωτοβολταϊκών συστημάτων εκατέρωθεν του αυτοκινητόδρομου.

Πάντως, παραμένουν δύο «αγκάθια» που πρέπει να ξεπεραστούν. Το ζήτημα των διοδίων στην Εγνατία αναμένεται να αποτελέσει ένα ακόμη πεδίο διαπραγματεύσεων. Η παραχώρηση φέρνει και την δημιουργία επιπλέον 15 σταθμών διοδίων, εκ των οποίων οι τέσσερις έχουν ήδη δρομολογηθεί και θα κατασκευαστούν μέχρι τον Ιανουάριο του 2017. 

Παράλληλα, ο ανάδοχος θα «κληρονομήσει» και το 16ετές της Εγνατίας Οδού από την Τράπεζα Πειραιώς αρχικού ύψους 250 εκατ. ευρώ, που είχε δοθεί το 2006 για την ολοκλήρωση των έργων του οδικού άξονα με ενέχυρο τα διόδια και χωρίς την εγγυοδοσία του Δημοσίου. Η δανειακή σύμβαση, η οποία εξυπηρετείται από τα διόδια, έχει καταγγελθεί από την τράπεζα και τα δύο μέρη βρίσκονται σε διαδικασία διαιτησίας, καθώς η διαφορά τους ανέρχεται στα 37  εκατ. ευρώ.