Η στέγη του ναού παρουσίαζε σοβαρές φθορές και ζημίες που έθεταν σε κίνδυνο τις τοιχογραφίες μιας και η πιθανότητα να παρουσιαστούν διαρροές εντός του ναού ήταν μεγάλες. Τα ξύλινα στοιχεία της στέγης είχαν επίσης εκτεταμένες φθορές από την έκθεση στην υγρασία, ο ντερές έχει παραμορφωθεί έχοντας υποστεί ισχυρή καμπύλωση, οι υδρορροές τόσο οι κατακόρυφες όσο και οι οριζόντιες ήταν κατεστραμμένες ενώ δεν υπήρχε στεγνωτική μεμβράνη και τα κεραμίδια ήταν γαλλικού τύπου.

Γι’ αυτό το λόγω έγιναν όλες οι απαραίτητες εργασίες για την επισκευή -αντικατάσταση της στέγη του Ιερού Ναού.

Συγκεκριμένα οι εργασίες που εκτελέστηκαν αφορούσα :

1. Αλλαγή (γαλλικού τύπου) κεραμιδιών με κεραμίδια ρωμαϊκού τύπου.
2. Αλλαγή κατεστραμμένων οριζοντίων και κατακόρυφων υδρορροών και τοποθέτηση νέων υδρορροών και ντερεδων.
3. Αντικατάσταση των κατεστραμμένων ξύλινων στοιχείων της στέγης (ντερές άνω του ιερού).
4. Μερική ανακατασκευή του σανιδώματος της στέγης (πέτσωμα).
5. Στεγανοποίηση της στέγης.
6. Κατασκευή τεγίδωσης της στέγης.

Το έργο  χρηματοδοτήθηκε κατά 90% από την Περιφέρεια Δυτικής Μακεδονίας και κατά 10% από την Ι.Μ. Καστοριάς.