Στις 19 Απριλίου του 1594 μ.Χ. ο Όσιος Συμεών παρέδωσε το πνεύμα του, σε ηλικία υπεράνω των 100 ετών. Ο Πατριάρχης Ιερεμίας ο Β’ (1586 – 1595 μ.Χ.), κλήρος και λαός, τον κήδευσαν στον ναό της Θεοτόκου της Χάλκης και ο τάφος του έγινε πηγή θαυμάτων.

Δύο χρόνια μετά τον θάνατό του, μοναχοί από το μοναστήρι του Οσίου επισκέφτηκαν την Κωνσταντινούπολη για να κάνουν εκταφή και να μεταφέρουν τα ιερά του λείψανα στον τόπο της ασκήσεώς του. Τα κόκκαλά του ευωδίαζαν. Τα έπλυναν με κρασί και τα έβαλαν σε λάρνακα ενώ την αγία του κάρα την έθεσαν σε ειδικό πολύτιμο κουβούκλιο. Μετέφεραν τα λείψανα στο μοναστήρι, όπου και έγιναν μεγάλο προσκύνημα από τους σκλαβωμένους Έλληνες.

Κατά την διάρκεια του εμφυλίου πολέμου (1945 – 1949 μ.Χ.), δύο αντάρτες έκλεψαν το πολύτιμο κουβούκλιο με την κάρα του Οσίου καθώς και πολύτιμα κειμήλια. Τα έκρυψαν προσωρινά μέσα σε ένα βαρέλι κοντά στο μοναστήρι.

Στις 22 Αυγούστου του 1952 μ.Χ., ημέρα Τρίτη, η κάρα του Οσίου, ξανατοποθετήθηκε στο μοναστήρι.

Η μέρα αυτή τιμάται ιδιαιτέρως στην μονή.

Τα θαύματα του Αγίου είναι πάμπολλα. Ενδεικτικά αναφέρουμε δύο.

Στην Κωνσταντινούπολη, κατά την εκταφή του, ένας σχοινοποιός, έπασχε από βαρειά ασθένεια. Ένεκα της ασθένείας του, καθε φορά που έβηχε, έβγαζε φλέγματα που βρώμιζε ο τόπος. Έτρεξε και προσκύνησε την κάρα του Οσίου και ευθύς γιατρεύθηκε. Ο πρώην άρρωστος, εις ένδειξη ευχαριστίας του προς τον Όσιο, δώρησε το πολύτιμο κουβούκλιο που έθεσαν την κάρα του θαυματουργού Οσίου.

Μια άλλη φορά, οι πατέρες της μονής, πήραν το δάκτυλο του Αγίου και επισκέφτηκαν την Εύβοια. Πήγαν και στην κωμόπολη Ωρεών, όπου ήταν ένας βαρειά άρρωστος που δεν μπορούσε να χωνέψει το φαγητό που έτρωγε. Και φούσκωσε, πρήσθηκε ολόκληρος· πρόσωπο, κοιλιά, χέρια, πόδια. Δεν φαινόταν αν ήταν άνθρωπος. Με όλες του τις δυνάμεις έτρεξε και προσκύνησε το λείψανο του Αγίου, ικετεύοντας τους πατέρες της μονής, να πάνε με το άγιο λείψανο στο φτωχικό του και να του κάνουν αγιασμό. Οι πατέρες του έκαναν την χάρη.

Στο νερό του αγιασμού έβαλαν και το λείψανο. Ο άρρωστος ήπιε αγιασμό και προσκύνησε το λείψανο. Και ευθύς έγινε το θαύμα. Από το σώμα του αρρώστου έτρεχε νερό ποτάμι, που μύριζε ανυπόφορα. Το πρόσωπό του, η κοιλιά του, τα πόδια του ξεφούσκωσαν, ξαναποκτώντας την κανονική τους όψη. Ο θεραπευμένος, έδωσε, όχι μόνο όλη του την περιουσία στο μοναστήρι, αλλά και τον ίδιο του τον εαυτό γενόμενος μοναχός στο μοναστήρι. Εις ανάμνηση του θαύματος αυτού, ιδρύθηκε στην πόλη Ωρεών, μετόχι της Ιεράς Μονής Φλαμουρίου που σώζεται μέχρι σήμερα.